Un'ipotesi biologica è una spiegazione verificabile di come un farmaco, un bersaglio proteico, una via metabolica o un altro fattore possa influenzare un sistema vivente. Non è una conclusione; è un'affermazione che può essere verificata con esperimenti, come saggi cellulari, studi su animali o misurazioni cliniche.
Nella scoperta di farmaci assistita dall'IA, l'ipotesi è l'idea centrale che il modello aiuta a prioritizzare. Se la biologia di base è debole o incompleta, il sistema può generare previsioni apparentemente convincenti ma comunque errate. Questo è importante perché output rapidi e ad alta confidenza possono amplificare ipotesi sbagliate. I flussi di lavoro solidi usano l'ipotesi come filtro: l'output del modello suggerisce candidati, i test di laboratorio li confermano o li respingono e i dati esterni verificano se l'idea è generalizzabile. L'obiettivo non è produrre più ipotesi, ma scartare presto quelle deboli.