RouterOS è il sistema operativo di MikroTik per router e istanze di router virtualizzate. Include il piano di gestione, le funzionalità di routing, le regole del firewall, gli strumenti VPN e servizi come l'API amministrativa. Poiché controlla sia il modo in cui un dispositivo viene configurato sia il modo in cui inoltra il traffico, RouterOS è al tempo stesso una piattaforma di rete e un obiettivo amministrativo di alto valore.
Nella sicurezza informatica, RouterOS è importante perché gli aggressori spesso puntano ai servizi di gestione invece che al motore di routing stesso. Se interfacce come l'API sono esposte a reti non attendibili, controlli di autenticazione deboli possono consentire tentativi di indovinare la password, attacchi brute-force o riconfigurazioni non autorizzate. I difensori riducono il rischio limitando l'accesso di gestione a intervalli di origine attendibili, collocando l'amministrazione dietro una VPN, usando API-SSL invece della semplice API e imponendo password complesse e uniche. In pratica, la sicurezza di RouterOS consiste nel proteggere il piano di controllo in modo che un aggressore non possa prendere il controllo del dispositivo che protegge la rete.